Neyse kardeşler bir gece asla açıklanmayan bir tufanı araştırırlar ve yine asla açıklanmayan sihirli bir boru bulurlar. Boru, ikisini de başka bir gezegene veya muhtemelen başka bir evrene götürür. Bu da asla açıklanamıyor. Mario, neşeli konuşan mantarların Prenses Peach (Anya Taylor-Joy) adlı Barbie benzeri bir sarışın tarafından yönetildiği masalsı Mantar Krallığı’na yatırılır. Ancak zavallı Luigi, bir köpek olduğunu düşündüren bir adı ve bir ejderha olduğunu düşündüren bir fiziği olan, ancak aslında Koopas adlı bir kaplumbağa ırkının lideri olan canavar Bowser (Jack Black) tarafından yakalanır. Olağanüstü bir tesadüf eseri, kardeşler bu gerçeküstü gezegene (veya muhtemelen bu gerçeküstü evrene), Bowser’ın Mantar Krallığı’nı fethetmesini sağlayacak parlayan bir yıldızı ele geçirmesinden hemen sonra gelirler.
Eğitimsiz bir göz için, kendisi ve ordusu o kadar güçlü ki, onu nasıl olsa fethedebilirlermiş gibi görünüyor, ama boşverin. Super Mario Bros Filmi, bir Japon oyun şirketinin Brooklyn’den bir İtalyan-Amerikan tesisatçı yarattığında ve ardından bu karakterin maceralarını 40 yıl boyunca geliştirmeye devam ettiğinde bekleyebileceğiniz türden şaşırtıcı, saçma sapan bir mitolojiye sahip. Endişelenmediğiniz ve saykodelik rastlantısallığı kucakladığınız sürece, onu saçma sapan bilimkurgu olarak kabul edebilirsiniz. Ancak birkaç sahneden sonra, bu aldatmaca olay örgüsü taslağı, filmin sorunlarının en küçüğü.
Sorun, Mario’nun birdenbire yüzen tuğlalar, dev altın paralar, “Güç Verme” küpleri ve yalnızca bir video oyunu bağlamında anlamlı olan elektronik ses efektleriyle çevrelenmesiyle başlar. Bu aşamada yönetmenlerin herkesin beğenebileceği bir çizgi film yapmaktan vazgeçtikleri ve bunun yerine oyunların sadık hayranlarının yararına referanslar yığmaya odaklandıkları anlaşılıyor.